부가가치세 신고/납부는 사업자의 매출을 확정하고, 매입세금계산서를 통해 주요 비용을 결정하기 때문에 사업자에게 있어 가장 중요하다. 무엇보다도 부가가치세 신고에 더욱 신경을 써야 하는 이유는 부가가치세 신고에 의하여 사업의 주요 매출액이 결정되고, 신고된 매출액은 사업자의 소득세와 법인세를 결정하는 요인이 되기 때문이다. 또한 부가가치세 신고를 잘못한 경우, 다른 세금의 가산세보다 부담이 커 특히 주의해야 한다.

제1기 부가가치세 예정신고∙납부
부가가치세 과세사업자는 2012년 제1기 부가가치세 예정신고기간(1월~3월)의 과세표준과 세액을 4월 25일까지 신고∙납부해야 한다. 다만 기존의 개인사업자인 경우에는 세무서에서 고지∙납부하도록 하고 있으며, 모든 부가가치세 과세사업자인 법인은 예정신고를 하여야 한다. 그러나 세법의 개정으로 종전에는 신고를 하여야 했던 다음 개인사업자는 신고의무가 없어져서 신고를 하지 않아도 된다.
- 신규사업자
- 직전 과세기간 납부세액이 없는 자
- 간이과세자에서 일반과세자로 전환한 자
- 주사업장 총괄납부사업자
- 사업자단위과세사업자

반드시 신고∙납부해야 하는 사업자
1) 법인인 부가가치세 과세사업자 전체
2) 예정신고 사유가 있는 개인사업자로서 사업자의 선택에 의하여 예정신고∙납부할 수 있는 일반과세자로서 다음의 경우에는 부가가치세 예정신고 및 납부를 할 수 있다.
- 휴업 또는 사업부진 등으로 인하여 이번 예정신고기간(1월~3월)의 공급가액이 직전과세기간(2011/7월~12월) 공급가액의 1/3에 미달하거나 또는 이번 예정신고기간의 납부세액이 직전과세기간 총 납부세액의 1/3에 미달하는 사업자
- 이번 예정신고가 사업설비투자, 영세율 등 조기환급에 해당되어 조기환급을 받고자 하는 사업자

부가가치세 주요 개정사항

개인사업자의 예정신고 의무 폐지
기존에는 개인사업자라 하더라도 일반과세자의 경우 직전 과세기간에 대한 납부세액이 없는 자, 각 예정신고기간에 신규로 사업을 개시한 자 및 각 예정신고 기간에 간이과세자에서 일반과세자로 변경된 자는 부가가치세 예정신고 의무가 있었다. 그러나 2012년부터는 개인사업자에 대하여 부가가치세 예정신고 의무를 폐지하여 개인사업자의 신고부담을 완화하였다.

음식점업의 의제매입세액공제율 영구화
기존에는 음식점업을 영위하는 사업자에 대하여 2012년 12월 31일까지 한시적으로, 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 및 임산물의 가액에 106분의 6(개인사업자의 경우 108분의 8)을 곱한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있도록 하였다. 그러나 2012년부터 음식점업을 영위하는 사업자에 대한 의제매입세액공제율을 106분의 6(개인사업자의 경우 108분의 8)으로 영구화 하였다. 다만, 개별소비세법에 따른 과세유흥장소의 경영자에 대한 공제율은 기존에 한시적으로 적용되던 것과 동일하게 104분의 4로 영구화했다.

음식점업, 숙박업 및 소매업에 대한 낮은 부가가치율 적용기한 연장
기존에는 음식점업, 숙박업 및 소매업을 영위하는 간이과세자에 대한 부가가치율을 2011년 12월 31일이 속하는 과세기간까지 100분의 30(소매업의 경우 100분의 15)으로 하도록 하였으나, 2012년부터 적용기한을 2014년 12월 31일이 속하는 과세기간까지로 3년 연장하였다.

전자세금계산서 발급명세 전송기한 단축
기존에는 법인사업자와 일정한 개인사업자가 전자세금계산서를 발급하고, 전자세금계산서 발급명세를 전자세금계산서 작성일이 속하는 달의 다음 달 15일까지 국세청에 전송하도록 하였으나, 2012년부터 전송기한을 전자세금계산서 발급일의 다음 날로 단축하였다. 다만, 전자세금계산서 발급명세 전송기한은 2012년 7월 1일부터 시행하도록 하였다.

계약해제 시 수정세금계산서 발급제도 개선
계약해제 시 세금계산서 수정발급 방법을 당초 거래(공급)일자에서 계약해제일을 기준으로 수정세금계산서를 발급한다. 해제일이 속하는 과세기간에 포함하여 신고할 수 있어 경정청구 및 수정신고가 불필요하며 올해 7월 이후 계약해제 사유 발생분부터 적용된다.

세금계산서 수정발급 사유 확대
세율을 잘못 적용했거나 면세거래를 과세거래로 잘못 적용해 발급된 세금계산서 또는 착오여부에 관계없이 잘못 적힌 경우 확정신고 기간까지 수정발급을 허용하도록 하는 세금계산서 수정발급 사유가 추가됐다. 이는 2012년 7월 이후 적용된다.

전자세금계산서 발급세액공제 적용기한 연장
건당 200원(연 100만원 한도)인 전자세금계산서 발급세액공제 적용기한이 2011년 12월 31일에서 2013년 12월 31일로 2년 연장되었다.

부가가치세 절세를 위한 방법 및 신고 시 유의사항

매출세금계산서, 매입세금계산서의 누락여부를 확인
매출세금계산서를 신고할 때 누락하는 경우 나중에 수정신고를 하여야 하는 번거로움이 있으며 또한 매출처별세금계산서합계표불성실가산세, 납부불성실가산세를 부담하여야 한다. 매입세금계산서를 신고 시 누락하는 경우 매입세액공제를 못 받을 뿐 아니라, 나중에 경정청구를 해야 하는 번거로움이 있다.

영세율 첨부서류 등을 확인
부가가치세 영세율이 적용되면 매입세액을 전액 환급 받게 된다. 이러한 영세율 적용요건이 충족되었는지 확인하기 위하여 각종 증빙서류를 제출토록 하고 있다. 영세율이 적용되면 제출해야 할 서류가 무엇인지 정확히 알아두고 미리미리 준비하는 것이 좋다. 영세율 첨부서류를 제출하지 않으면 매출액의 1%에 해당하는 영세율과세표준불성실가산세를 부담하여야 한다.

정당한 매입세금계산서 수취
매입거래를 하여도 사실과 다른 매입세금계산서를 수취한다든지 간이과세자나 폐업자로부터 매입세금계산서를 받은 경우에는 매입세액공제가 되지 않고, 또한 자료상과의 거래혐의를 받아 세무조사를 당하는 낭패를 볼 수 있다. 실지거래를 하여도 매입세금계산서를 받을 수 없다면 사실대로 처리하는 것이 더욱 안전한 방법이다. 더욱이 국세청의 전산시스템이 강화되어 무자료거래 및 가짜 세금계산서를 수취하여 적발되는 경우 매입세액뿐만 아니라 가산세와 종합소득세까지 중과됨을 명심해야 한다.

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